导弹作为一种重要的武器系统，被搭载于多种舰船上，包括护卫舰、驱逐舰、巡洋舰等。这些舰船通过导弹系统实现远程打击或精准攻击，在战斗中发挥关键作用。导弹武器的特点是射程较远且伤害集中，但可能受到敌方防空系统的拦截。
护卫舰中搭载导弹的型号包括静海级导弹护卫舰、雷里亚特级快速鱼雷护卫舰以及澄海级重型护卫舰。静海级导弹护卫舰主武器为反舰导弹系统，对中小型目标具有较高杀伤效率；雷里亚特级虽以鱼雷为主，但部分子型号可改装为导弹配置；澄海级则通过导弹与火炮混合火力实现多用途作战。诺玛M470级重型登陆舰虽定位为攻城舰，但其子系统可配备对舰导弹模块。
驱逐舰中导弹配置更为多样化，枪骑兵级轻型导弹驱逐舰是典型的反舰导弹平台，其主武器系统专为打击中小型舰船设计；斗牛级脉冲炮驱逐舰虽以能量武器为主，但部分改型可搭载战术导弹；阋神星I级轻型快速火炮驱逐舰的子系统也支持导弹武器补充火力。导弹驱逐舰通常需要搭配防空舰船保护，以避免被敌方战机或护航艇针对。
巡洋舰及以上级别舰船中，KCCPV2.0级巡洋舰的集束鱼雷系统本质属于重型导弹武器，可对超大型目标造成巨额伤害；066级通用巡洋舰则配备标准反舰导弹阵列，兼顾持续输出与爆发能力。部分战列巡洋舰虽未明确开放，但根据蓝图数据推测其可能搭载战略级巡航导弹系统。
特殊舰种如航母的舰载机中，林鸮等攻击机型可挂载空对舰导弹执行精确打击。护航艇如RB7导弹艇则完全依赖导弹作为主武器，其高机动性配合弹头伤害强化策略能有效针对巡洋舰。需注意导弹武器的实际效果受舰船加点策略影响，优先提升冷却、伤害与命中率能显著增强作战效率。
导弹舰船的实战价值取决于战场环境与舰队搭配。对抗高护甲目标时需配合能量武器突破防御，而在大规模舰队战中，导弹的饱和攻击能快速削弱敌方中小型舰船集群。建议通过蓝图研究获取对应舰船的子型号或改装方案，以解锁更先进的导弹技术分支。
