舰队编排是无尽的拉格朗日核心玩法之一，合理配置舰船位置与功能分工直接影响战斗效率。舰船默认分为前排、中排、后排三个位置，敌方会优先攻击前排目标，因此前排需配置高防御或高闪避的舰船，如奇美拉巡洋舰或ST59战列巡洋舰。中排舰船需兼顾攻防能力，可部署枪骑兵或红宝石离子炮型；后排则集中高输出舰船，如卡利斯托鱼雷型或载机母舰。指挥值限制是编队关键，单支舰队初始上限为300，升级后可提升至400，需根据战场需求平衡舰船数量与质量。
移动速度是舰队编排的隐藏核心参数，整体航速由最慢舰船决定。龟速型舰船如太阳鲸航母（250速）会大幅拖累战术执行，需通过增援系统单独部署；高速护卫舰（800+速）适合组建机动编队执行侦察或拆解任务。增援功能可突破指挥值限制，但会强制转为普通航行模式，因此曲速航行中应避免增援操作。战巡与航母等高人口舰船通常通过增援加入战场，而非直接编入主舰队。
前排防御型推荐CAS066级（点满防御）或卡利莱恩特种型，输出型可选艾奥级（点满闪避）或斗牛级；中排优先选择永恒风暴（能量伤害）或KCCPV2.0脉冲型；后排最优解为搭载蜂巢护航艇或维塔斯B战机的载机母舰。维修舰在后期性价比急剧下降，其治疗量难以弥补输出缺口，仅建议在低强度PVE时使用。防空编队需独立配置，光锥防空型与孢子战机组合能有效克制航母。
实战中建议配置两支功能互补的舰队：主力队以6艘以上前排抗伤舰为核心，搭配中后排持久输出；高速输出队侧重突击与包抄，采用红宝石、刺水母等高攻护卫舰。封锁战术需谨慎使用，针对NPC据点封锁可自动获取经验，但玩家间滥用可能导致工程船大规模损失。采矿平台虽能节省计划圈并提供10%-30%采集加成，但易引发同盟纠纷，建议3名玩家共享矿区以平衡效率与安全。
蓝图强化与技术值分配是舰队强度的底层支撑。每艘舰船5-7个改装位需针对性开发，例如阋神星重炮型需强化单发伤害以突破护甲抵消机制。技术值优先投入主力舰关键系统，如奇美拉的装甲强化或卡利斯托的鱼雷命中率。舰载无人机如刺水母的毒刺攻击机属于特殊战力，无需蓝图即可激活，但需注意诺玛级攻城无人机等特殊功能的战略价值。
