在二周目开始时，咱们会发现自己回到了家里，这时红豆杉博士的父亲会来升级图鉴为全国图鉴。出门后劲敌和他的妹妹会提到索罗亚克在冠军之路等着咱们，这是后续剧情的重要线索。记得去飞云市右下方出城，上天箭之桥与切林一起调查等离子团的踪迹，这里会遇到改过自新的七贤人之一阿斯拉。二周目的剧情比较分散，需要耐心探索每个城镇的细节变化。
矢车森林外围的试炼之岩可以让队伍中的特定宝可梦打出星之砂，每天只能使用一次。博物馆里芦荟会让咱们从羽毛化石和龟壳化石中选择一个，之后副馆长会带着参观。如果之前和黑白联动过，图书馆里还能触发三人组的回忆剧情。三曜市的三曜道馆变成了餐馆，和里面的女性对话可以玩猜花椰猴的游戏，猜对能获得大蘑菇，这也是每日限定的活动。
神兽捕捉是二周目的重头戏，三斗神勾帕路翁、毕力吉翁和代拉基翁分别在13、11和22号道路出现。雷吉洛克需要通关后去地底遗迹捕捉，之后通过钥匙系统解锁铁之间或冰山之间来捕捉另外两只神柱。拉迪亚斯要去梦的遗迹连续追赶几次才能进入战斗，记得带上心之水滴这个专属道具。席多蓝恩需要在18号道路找到火山基石，带到反转火山最深处才会出现，它的火钢属性要注意应对。
黑色摩天楼共有10个区域19层，6层之后门卫和层主可能不在同一层。在19层战胜阿迪克的孙子后，会被邀请去他家获得闪光圆陆鲨。海底遗迹需要先完成七贤者给的任务，获得翻译文字的能力后才能进入。古代之城深处可以遇到火蛾，这里一周目拿了怪力术就能来。迷之森深处和旅人对话能获得技能机器95，还能遇到佐罗亚库，虽然这个一周目可能已经见过了。
二周目新增的内容都需要仔细探索每个角落。道馆馆主们的位置发生了变化，很多都分散在各地等待咱们去挑战。记得每天去固定地点领取限定奖励，比如星之砂和大蘑菇。神兽捕捉前要做好充分准备，带上合适的精灵球和状态技能。黑色摩天楼和海底遗迹的挑战难度较高，建议先把队伍等级提升到70级左右再尝试。
