地下城堡3的宝箱系统是游戏资源获取的重要途径，合理探索地图可大幅提升收集效率。宝箱通常隐藏在非主线路径或特殊交互点，例如图11阿克尤姆的烂泥街区域，在击败据点守卫后穿越该区域，能在升降梯附近发现内含海岛地图的宝箱。部分宝箱需要属性达标才能开启，如湖心圣树一层的宝箱三和宝箱四分别要求6800魔力与7000魔力解除封印。摧毁地图中的红色晶体会触发隐藏奖励，冰雪地图的红色雕像摧毁后可解锁外传剧情。
伊班岛的海图宝箱位置较为隐蔽，需在特定坐标点探索。玩家需注意地图中的发光光点、可点击的树木或筐篓，这些互动元素常与宝箱关联。例如唤魂师秘境的营地光点点击后会触发宝藏奖励，而图1林中女巫击败后可直接获得抽角色卷轴。部分宝箱内含雕像碎片或稀有材料，如圣树二层的宝箱八可获取红色钻石与圣树树干，这类资源对角色培养至关重要。探索时建议优先清理地图怪物，某些宝箱需击败守卫才会显现。
秘境中的宝箱机制更为复杂，需结合解谜与战斗策略。秘境11的宝箱获取需按特定顺序放置材料，错误操作会导致坩埚爆炸。回溯之境的宝箱要求玩家购买会员并遵循引导灵魂的提示，否则无法解锁后续奖励。部分秘境宝箱与魔力核心相关，物理队和法系队伍需选择不同核心：物理队仅使用第二个核心摧毁BOSS魔盾，法系队则使用第一个核心破坏护甲，错误选择将大幅提升BOSS防御数值。
外传地图的宝箱往往与剧情进度绑定。摘星楼下层需击败雷巨以解除每步30%血量损失的负面效果，随后在升降梯插入传动杆可延长战斗时间并解锁宝箱。禁闭室钥匙需完成腐化地牢主线后，通过三重机关挑战获取，包括火焰符文阵、石碑谜题和无面祭司战斗。钥匙存在时效性，10分钟内未使用会消失。湖心圣树的部分宝箱需借助符文透镜或机关石块解锁，例如上古坚木宝箱需在二层炼金阵制造道具后击败融蜡魔才能开启。
某些宝箱的开启条件依赖于其他地图的任务道具，如阿克尤姆弃儿支线需先在秘境烹饪面包才能获得钥匙。圣树区域的拦路石碑需按编号顺序激活，否则无法抵达隐藏宝箱位置。宝箱奖励可能受推图进度影响，未达到要求的属性或剧情阶段时，部分宝箱仅显示封印状态。建议玩家在卡关时回溯已探索区域，检查遗漏的交互点或未完成的支线任务。
