三周目开始后，咱们会在家门口遇到键太，他会赠送一张世界通火车票。带着这张票去方圆市坐火车，就能直达世界联盟准备挑战。不过别急着打联盟，先得把神兽收集齐活。记得先去雪柔市找大吾对战，打赢后才能解锁御龙市右边的隐藏山洞，里面藏着训练师渡，击败他能拿到橘子通行证。每个城市的强者都得挑战一遍，集齐各种通行证才算完成前置任务。
方圆市城外的冬酿森林入口能抓到40级的毕力吉翁，出口右边草地还有50级的洁米等着你。翡翠市向上冲浪会遇到红水都，临港市左边海域则藏着蓝水都。三圣鸟的捕捉需要反复刷新：奥利镇飞机场与驾驶员对话后，先去北方岛屿抓火焰鸟，再回飞机点向上冲浪找闪电鸟，左上方则是急冻鸟的栖息地。黄绮岛左边有50级黄圣菇，垂暮森林左下角能遇到红圣菇，方圆市左边草地还藏着蓝圣菇。
垂暮市有个特殊设定，对着特定房子的床按A能进入梦境世界抓达克莱伊。垂暮森林左边入口蹲着雪拉比，山洞深处能遇到岩神柱。冰暴洞窟的冰神柱和祁连洞窟的钢神柱都需要攀岩技能。御龙市冲浪向上的416号道路新增了路口，走到尽头能抓酋雷姆。蒸汽团基地左边门进去深处藏着超梦，泽理联盟左边潜水会发现玛娜菲的巢穴。这些神兽等级都在40-50级之间，记得多备些高级球。
二周目地图也别漏掉，陌桑镇坐船处向下冲浪能到欧若洞穴，最上方的传送门通向特殊区域。炽炎市上方森林有炎帝，青瓷市左上角坐热气球能到彩虹山谷抓凤王。静谧市上方的陨石坑藏着代欧西奇斯，右边冲浪进入空之谷能遇到裂空座。最后记得回方圆市坐火车去世界联盟，泽理联盟和洛林联盟的四天王房间里还藏着两个秘密商店，分别出售全技能和全树果。
整个三周目的核心就是神兽大收集，建议按照区域顺序逐个排查。有些神兽需要特定条件触发，比如对着床互动或反复刷新地点。遇到卡关时可以检查是否漏了某个通行证，或者试试串档解决汉化版的bug。带着全部神兽挑战联盟才是完美通关的正确姿势，最后还能解锁与小智的终极对战。
