开启三周目的关键在于完成二周目所有主线剧情及特定神兽捕捉任务。玩家需先通关一周目并完整经历二周目剧情，包括击败所有道馆馆主和联盟冠军。二周目结束后，系统会自动解锁三周目内容，玩家可在家中的初始位置重新开始冒险，但保留之前获得的精灵和道具。
三周目开启后，玩家需要前往特定地点触发新剧情。长盘市是重要的起点，从这里出发向右走可乘坐船只到达新区域。二号道路的花海区域会出现幻之宝可梦雪米与冥王龙齐拉蒂娜的战斗事件，这是三周目独有的剧情内容。流干岛道馆、玉珠岛等地点也会出现新的支线任务和神兽捕捉机会。
三周目的任务结构更为复杂，包含多个相互关联的支线。玩家需完成郭美的审判支线收服白色耿鬼，处理时间管理者和未言的真相等剧情任务。古代种族支线作为引梦貘人剧情的后续也会在三周目出现。这些支线任务往往需要特定的精灵或道具才能触发，建议玩家在二周目时就做好相应准备。
队伍配置方面，三周目的对战难度显著提升。建议携带等级超过80级的精灵队伍，属性搭配要尽可能全面。超梦、盖诺赛克特等传说宝可梦的加入会大幅提升队伍实力。道具准备上，各类恢复药品和状态药剂需要充足储备，秘传机技能如冲浪、潜水等在探索新区域时必不可少。
探索过程中需特别注意隐藏要素的触发条件。冥想殿堂的超梦事件、觉醒神殿的时空洞穴都需要特定剧情进度才会开放。大挑战区的父子剧情结束后可捕捉冰龙，这些内容都丰富了游戏的可玩性。三周目的核心在于完整体验游戏剧情，因此不建议跳过任何对话或任务提示。
开启并完成三周目需要玩家具备足够的耐心和对游戏机制的深入理解。建议按部就班推进剧情，仔细阅读任务提示，合理规划精灵培养路线。三周目不仅提供了更丰富的游戏内容，也是对整个特别篇赤故事线的完美收束。
