在游戏开始时，玩家需要从妙蛙种子、杰尼龟和小火龙这三种初始宝可梦中进行选择，其中火属性的小火龙因其出色的潜力与成长值，被许多训练家视为优先选项。选择前通过存档功能查看精灵性格，若不符合预期可读档重选，直至获得理想属性为止。这一选择会直接影响早期对战效率，尤其是面对主要对手时，对方会特意选用属性克制的精灵进行挑战。
组建阵容时需注重属性之间的相互配合，推荐采用水、火、电三种属性构成的基础三角联防体系，这样能有效覆盖多数属性克制关系。同时需留意后期高难度战斗的需求，适当加入龙系或妖精系精灵以增强队伍适应性。
水系精灵中水箭龟凭借其均衡的攻防能力成为可靠选择，火系精灵里喷火龙拥有两种不同的MEGA进化形态以适应物攻或特攻战术，电系精灵则可选择具备干扰能力的皮卡丘或后期更强的闪电鸟。草系妙蛙花通过消耗技能在持久战中表现突出，超能系胡地拥有极高的特攻输出但需注意其防御薄弱的特点。
该版本中精灵携带伤药即可触发MEGA进化，简化了传统进化条件。但需注意联盟挑战禁止使用神兽，因此需提前培养常规精灵阵容，确保在关键战斗中不受限制。
在搭配具体阵容时，除了属性克制外还需确保技能招式的多样性，避免输出手段单一化。建议队伍中包含具备不同战斗定位的精灵，如攻击手、防御型与辅助单位，以满足应对多样战况的需求。
