地下机关的入口通常隐藏在地图的特定区域，需要玩家完成前置任务或解谜才能开启。以层岩巨渊为例，进入地下矿区的关键是通过任务巧瞒七星解磐键，该任务由NPC沐宁触发。任务流程包括寻找冒险家志琼、击退盗宝团获取流明石，随后通过破坏磐键机关解锁通道。磐键的破坏方法需利用岩种子和聚合物，将岩种子击打至聚合物后瞄准磐键攻击即可。完成全部四个磐键的解谜后，地下矿区入口将正式开放。
荒海区域的地下机关入口则需通过雷元素方碑解谜激活。首先需点亮荒海大祓入口附近的四个雷元素方碑，随后使用留念镜对三只地狐进行侦查，按压出现的机关后即可打开天井进入地下。需留念镜需在任务中获得，且雷种子是穿越结界的必备道具。荒海地下机关的解谜逻辑与雷元素密切相关，建议队伍中配置雷属性角色以提高效率。
稻妻地区的清籁旧宝任务中，地下室入口的机关解谜需遵循特定顺序。与藤原俊子对话后，根据藏宝图右下角的符号提示，按顺序踩踏地面字符石板即可开启通道。机关需解两次，第一次需按外围到中间的路径行走，第二次则采用Z字形路线。此类解谜通常需要观察环境中的符号或图案线索，若失败可重新尝试或参考任务描述中的提示。
鹤观岛的知比山地下遗迹入口则涉及壁画与宝珠解谜。玩家需使用道具羽毛破除墙壁密室，获取三颗如星的宝珠后将其嵌入壁画。随后需引导雷灵至指定位置，过程中需注意雷灵移动路径可能被地形或怪物干扰。完成全部雷灵引导后，地下遗迹的隐藏通道才会显现。此类解谜往往结合探索与战斗，建议提前准备恢复类道具。
玩家需留意NPC对话、地图标记以及场景中的特殊符号，同时合理配置队伍角色属性以应对不同解谜机制。若遇到困难，可优先检查是否遗漏前置任务或关键道具。
